현역 은퇴 뒤 비야레알의 유소년팀을 지휘하다 2017년 9월 1군 감독으로 승격되었다. 첫시즌 팀을 5위로 이끌며 뛰어난 지도력을 보여주었으나, 18-19 시즌에는 성적 부진으로 개막 9경기만에 경질된다.
2019년 1월 29일 루이스 가르시아의 후임으로 비야레알에 재선임되었고, 2019-20시즌 비야레알을 5위로 이끌어 또 다시 유로파 리그에 진출시켰으나 상호 계약해지로 2020년 7월 팀을 떠났다. 후임은
아스날과
파리 생제르망을 이끌던
우나이 에메리 감독이다.