FC 서울 유스인 오산고를 졸업해 우선 지명을 받고
동국대학교 축구부에 진학했으나, 대학 3학년 때 십자 인대를 다치는 부상을 당하면서 우선 지명 선택을 받지 못했다.
그러나 이준서는 포기하지 않았다. 재활에 전념했고, 마지막 1년에 모든 것을 쏟았다.
그 결과 2020시즌 춘계대학연맹전, 추계대학연맹전 우승,
U리그 왕중왕전 준우승을 이끈 핵심 멤버로 추계연맹전 골키퍼상, U리그 왕중왕전 우수 선수상을 수상하며 기량을 인정받았다.
특히 승부차기 때마다 신들린 선방으로 팀을 승리로 이끌었다.
