평화로운 섬, 사우스 아일랜드. 여기에는 꿈의 초물질 카오스 에메랄드가 잠들어있다. 무한한 파워를 가지고 있지만, 그 때문에 사용법에 따라 무시무시한 병기가 되기도 하는 환상의 보석이다. 지금, 이 카오스 에메랄드를 노리고 악의 천재 과학자 닥터 에그맨이 다시 움직이기 시작했다!

어느 날, 모험을 떠난 소닉과 테일즈는 그리 좋지 않은 소문을 들었다. 에그맨이 카오스 에메랄드 중 하나를 손에 넣었다는 것이다. 서둘러 사우스 아일랜드로 돌아가보니, 평화로웠던 섬은 이미 대혼란에 빠져있었다. 에그맨이 하나를 제멋대로 가져가자 나머지 카오스 에메랄드도 어디론가 흩어져버리고, 보석의 파워가 떠받치고 있던 이 섬은 바다에 가라앉기 시작한 것이다.

"이번에야말로 나의 승리다! 세계는 나의 것이라고 소닉!!"
"에그맨 이 자식, 카오스 에메랄드는 반드시 되찾아주지! 가자, 파트너!"
"좋아! 가자!"

소닉과 테일즈는 에그맨의 야망을 저지하기 위해, 그리고 가라앉기 시작한 사우스 아일랜드를 구하기 위해 달려나간다. 마지막에 웃는 것은 소닉 일행인가, 아니면 에그맨인가...?

▶ 소닉 & 테일즈 게임기어판 매뉴얼 (일본어)