아치 코믹스에서 2009년부터 연재하기 시작한 소닉 코믹스 시리즈.
이전에 연재하던 소닉 X 코믹스의 최종권(40권)에서 이어진다. 이 때 소닉 X 세계에서 섀도우랑 메탈 소닉이 블레이즈의 세계로 이동하면서 스토리가 시작된다. 그런데 소닉 X 최종권과 소닉 유니버스 1권이 처음 발매될 때까지의 2개월의 공백 동안 그 둘은 어디 있었던 거냐?

주로 4권으로 하나의 스토리를 이루며, 스토리마다 게임과 관련된 이야기를 내놓는다. 덕분에 게임 위주 팬들은 원작과 거리감이 큰 아치 코믹스 본편보다는 이쪽 만화가 발매되는 걸 더 기다린다.

본편인 소닉 더 헤지혹 코믹스에서 다루지 못한 내용을 다루기도 한다. 스토리 6이 대표적인 사례. 반면 스토리 8처럼 본편의 내용에 크게 간섭하는 경우도 있다. 일종의 외전격 이야기라고 생각해 두자.

특히나 5권부터 8권까지는 소닉의 30년 후 이야기를 다루고 있었다! 실버가 섀도우가 엄청난 음모를 꾸미고 있다는 사실을 알려주기 위해 30년 후의 미래로 시간여행을 떠났는데 그 미래의 소닉은 왕이 되어 있었음과 동시에 샐리가 결혼하여(!) 1남 1녀 하나씩 낳아 기르면서 살아가는 모습이 발견되어 다수 소나미 지지자들은 충공깽에 빠진다.(...)[2] 물론 설정상 가능한 미래 중 하나이다.

본편 196편에서 메탈 소닉과 함께 카오스 컨트롤로 평행세계 격인 소닉 X의 세계에 간 다음 블레이즈의 세계로 온 섀도우의 이야기.

본편 135~144호에 걸쳐 전개된 '모비우스 25년 후'로부터 5년 뒤의 이야기.

리엔-다가 감금된 섀도우를 구출하고, 섀도우가 복수를 하기 위해 티키카오스를 풀어놓음에 따라 소닉이 과거 동료들의 자식들과 함께 다시 한번 자유의 투사들을 결성해 이에 맞서게 된다는 이야기.

소닉에게 위험을 알리기 위해 미래에서 온 실버를 비롯해, 본편의 일부 멤버와 그 자손들을 한 스토리에서 만나볼 수 있다.

본편 204~205호의 시간대에 전개된 이야기.

10년만에 너클즈가 주연인 이야기가 나왔다.[3] 고생했어 너클즈

본편 209~210호의 시간대에 전개된 이야기. 이 이야기가 본편 221호로 이어진다.

철의 여왕의 침공 당시 동방으로 떠난 소닉과 샐리, 그리고 테일즈의 이야기.

본편 213~214호의 시간대에 전개된 이야기.

신혼여행을 떠난 바니 래봇과 앙투안 드슐레떼, 그리고 거기에 호위로 나선 테일즈의 이야기.

1995년에 세가의 휴대용 게임기 게임기어로 출시된 테일즈 어드벤처의 설정을 사용했다. 고대유물

스토리 9와 어느정도 연계성이 있다.

본편의 어느 시점에 전개되었는지는 불명.

오래간만에 블레이즈가 출연했다.

본편의 어느 시점에 전개되었는지는 불명.

무려 실버 VS 에너작의 전개다.

본편의 어느 시점에 전개되었는지는 불명.

본격 스커지의 교도소 탈옥기

본편 221~233호의 시간대에 전개된 이야기. 이 이야기가 본편 221호로 이어진다.

소닉 라이더즈 시리즈의 설정을 사용했다.

35호의 경우 본편 232호 보다 먼저 나왔는데, 시기상으로는 그 뒷 이야기였다. 결국 본의 아니게 네타가 나온 상황.

스니블리 로보트닉이 철의 여왕을 구하기 위해 닥터 에그맨을 가두고, 「로보트닉은 죽었고, 아무래도 다크 에그 리전은 끝난 듯. 알아서 잘 먹고 잘 사셈.」라는 구라방송을 송출해 버린다.

이 방송을 듣고 열받은 닥터 에그맨은 방에서 탈출한 뒤 이 방송을 보고 자기 살 길을 찾아 가려던 부하들을 전원 소환해서 정신교육한 뒤 카오스 에메랄드의 탈환을 지시하고 스니블리를 추격하러 나서게 된다.

2012년 6월부터 시작된 이야기.

하비 후의 제안으로 나구스에 대항하기 위해 결성된 시크릿 프리덤 파이터의 이야기를 다룬다.
공개된 표지 및 지금까지의 정보로 볼 때 멤버는 하비 후, 실버 더 헤지혹, 엘리아스 에이콘, 래리 링스,[4] 울프팩의 쌍둥이 자매인 리타와 리코[5] 그리고 「메탈 소닉 2.5」다. ?

참고로 이 편의 등장인물들이 입는 유니폼은 소닉 라이벌즈 시리즈의 실버전용 옷들 중 하나에서 모티브를 가져왔다.[6]

이 편은 정식 스토리가 아닌 외전이다. 소닉 & 올스타 레이싱 트랜스폼드가 발매 시즌을 대비해서 만들어진 에피소드다.

옛날에는 미국에서 연재되는 코믹스의 특성상 이 시리즈는 정발할 기미를 보이지 않았으나, 최근 출판사에서 각각의 스토리를 따로 묶어 우리가 일반적으로 서점에서 볼 수 있는 형태의 아카이브로 묶어서 팔 예정이다.[7] 그렇기 때문에 번역되어 나온다는 것까지 바라기는 힘들겠으나, 인터넷 서점 같은 곳에서 살 수 있어서 드디어 국내 팬들에게는 엄청난 구원의 손길이 뻗어오고 있다.

스마트폰을 가지고 있으며, 굳이 책을 소장할 필요까지는 없다고 생각된다면 앱 마켓에서 구매가능한 코믹스 앱을 통해 디지털 다운로드 방식으로 구매하는 방법도 있다. 아예 애플 앱스토어 쪽에는 아치 코믹스에서 만든 자사 코믹스를 위한 전용 앱도 존재한다. 업로드하지 않은 이슈가 많은 본편과는 달리 유니버스 쪽은 중간에 빠진 이슈는 없다.[8] 그리고 현재는 아카이브 본이 조금씩 올라오기 시작했다.