824년(
신라 헌덕왕 16) 도의국사(道義國師)가 창건한 절이다.
임진왜란을 겪은 뒤인 1674년(현종 13) 언양현감의 시주로 중건하였다.
6.25 전쟁으로 나라가 혼란한 와중에 폐허가 되었다가 1959년에 복원되었는데 이 때부터
비구니들의 수련도량으로 그 면모를 갖추었다.
주요 문화재로는 울주 석남사 승탑(보물 제369호), 석남사 삼층석탑(유형문화재 제5호), 석남사 산신도(유형문화재 제33호), 석남사 독성도(유형문화재 제34호), 석남사 수조(문화재자료 제4호)가 있다.
대중교통으로는 석남사 정류소에서 울산 시가지 방면으로 시내버스
[1],
밀양시 방면으로 시외버스가 운행한다.
경상남도 밀양시와 울산광역시 울주군을 연결하는
터널로 이 절의 이름을 딴 석남터널이 있다. 왕복 2차로 터널이며
24번 국도를 확장하는 과정에서
가지산터널과 호박소터널이 건설되자 버려진 길이 되었다.