전임 교황 실베리오가 고트족의 압력으로 교황이 되었다면 비질리오는 동로마 제국의 후원으로 교황이 되었다. 이 과정에서 단성론을 수용하겠다는 모종의 거래가 있었을 거라 추정된다. 하지만 교황좌에 착좌하자 단성론을 수용하지 않았고, 이 문제에 대해 회의하고자 553년 황제에 의해 소집된 제2차 콘스탄티노폴리스 공의회에도 참석하지 않는다. 심지어 당시에 콘스탄티노폴리스에 머물고 있었다?! 이에 빡친 유스티니아누스 1세는 공의회에 압력을 가해 교황 비질리오를 파문해 버렸다. 상황이 이렇게 되자 비질리오는 콘스탄티노폴리스에서 개최된 제5차 공의회를 세계 공의회로 승인했고, 그 대가로 그에 대한 파문은 취소되었다. 이 조치로 비질리오는 로마로 돌아갈 수 있게 되었으나 돌아오던 중 시라쿠사에서 사망하였다. 그가 재임기간 보인 행보는 햄릿 저리 가라 할 정도로 우유부단한 면도 있지만, 교황권이 동로마 황제에 예속되었기 때문에 휘둘린 면도 있다. 그저 안습한 교황이라 할 수 있다.