목포여자고등학교는 전라남도 목포시에 위치한 공립 여자고등학교이다.

목포여자고등학교는 1944년 3월에 목포공립여자상업실수학교라는 교명으로 3년의 교육과정을 편성 및 시행할 것으로 예결하고 조선총독부 당국으로부터 설립인가를 받아, 그 해 6월 1일자로 개교하였다. 당시에도 그렇고 지금도 그렇지만 목포시 자체가 땅이 없어서(...) 지금의 목포여자중학교의 전신인 목포공립고등여학교에서 개교를 하였고, 7월에 신사참배 거부로 인하여 폐교 처리된, 정명여학교(현. 목포정명여자중학교의 전신)자리에서 업무를 개시 한 것이, 첫 교사(校舍)이다.

광복 직후인, 1946년 2월 6일자로 인문계로 전환을 교육당국으로부터 승인 받아, 목포정명공립여자중학교로 승격 되었으나, 1947년에 기존에 폐교되었던 목포정명여학교가 재개교 하자, 개명 요구를 받아 목포항도공립여자중학교로 변경하였다. 그해 9월 부터, 정명학교에서의 셋방살이를 마치고 지금의 목포역 근처인 호남동 1-10번지로 이전하였는데 이곳이 2번째 교사이다.

1951년에는 정부의 중등교육기관 확립 정책에 의하여 당시 목포시 소재의 목포공립상업중학교와 더불어 고등학교로 변경됨에 따라, 목포여자고등학교로 개칭되어 지금의 교명을 받게 되었다. [정확히,] 이 때 즈음에, 호남동 교사에서 지금의 목포고등학교 자리인 용당동교사로 이전하였다.

1955년 6월에 목포여자고등학교 병설 중앙여자중학교를 개교시켜 병설로 운영되었다가, 1963년에 목포고등학교와 교사를 맞바꾸는 것으로 결정되면서, 대성동 40번지로 병설 중학교와 함께 이전되는데, 이곳이 바로 현재의 교사이다.[4] 1970년의 목포중앙여자중학교 분리 후에는 별다른 큰 변화없이, 인문계 학교로서 유지중에 있다.[5]

1960년, 4.19 혁명이 일어났을 떄에는, 학생들이 목포상업고등학교와 목포고등학교와의 연합시위를 동참하는 등. 불의에 항거하는 모습을 보여 주었다.

철도는 학교와 멀지 않은 곳에 목포역이 위치하여 있다. 이곳에서 호남선 목포발 무궁화호, ITX-새마을, KTX와 SRT가 성황리에 운행중이고, 목포발 부전행 경전선 무궁화호가 1회 왕복하고 있으며, 광주-목포 간 통근열차 목적인 무궁화호도 1회 운영하고 있다. 특히 지금도 그런지는 모르겠으나, 2000년대 후반에는 광주-목포 간 통근열차를 타고 출근하는 교직원들도 몇몇 있었다.