1989년 한의과대학이 신설되면서 분리된 캠퍼스이며 부산광역시 부산진구 양정로 52-57 (양정동)에 위치해 있다. 같은 재단의 동의의료원[1]이 이곳에 있다. 한 여름에 연구소 창문을 보면 그들이 갈아입을 가운이 단체로 상복처럼 널어져 있는 진풍경이 연출되기도 한다. 예과 1학년과 예과 2학년 1학기까지는 가야캠퍼스와 양정캠퍼스를 번갈아서 다니므로 운이 좋으면 가야에서 한의대생을 볼 수 있다!

여담으로 한의대에 들어오기 위한 성적대는 어느 학교든 매우 높다. 2017학년도 정시 기준 동의대 한의예과는 서울대 중하위과 정도이다. 말그대로 동의대 간판학과라고 할 수 있다. 다른 학과에 비해 입결 차이가 상당히 많이 나서인지 학과 내에 따로 동아리들이 존재하며[2] 중앙동아리에 참가하는 한의대생은 극소수이다. 가끔 한의대생을 만나서 친해지게 된다면 잘 대해주자. 고학년이라면 아픈 곳에 침을 놔줄 수도 있다... 지나가는 힐러? 단 고학년이라고 침 잘 놓는 거 아니니 너무 신뢰는 하지 말자.

사족으로 유급을 매우 많이 시킨다. 유급으로 번 등록금으로 학교를 운영하다는 말이 공공연하게 돌고 있다.