발하라 에리어
밀레니엄 주민들의 여가장소. 슬럼가,도박장,투기장이 존재하며 투기장에서 전적을 쌓아 올린 사람들은 챔피언 결정전 참가 자격이 주어지며 여기서 승리하면 챔피언이 되어 막대한 부와 명예, 그리고 센터 영주권을 얻게 된다. 슬럼가에서 인생역전을 할수 있는 몇 안되는 방법이기 때문에 투기장에 도전하는 사람들이 매우 많다. 메시아 교단에 협조하는 마담이라는 여인이 관리하고 있으며 메카다도 여기에 숨어서 살고 있다. 중반에 센터 원로원이 아바돈을 시켜 통째로 삼키는바람에 전멸한다.

팩토리 에리어
밀레니엄 주민들이 사용하는 생필품과 식량을 생산하는 장소. 이상할정도로 노동을 찬양하는 사람들이 살고 있으며 에리어 가운데에는 거대한 철문으로 막혀 들어갈수 없는 수수께끼의 탑이 존재한다. 지하에는 메시아 교단의 템플 나이트들이 출입을 통제하는 장소가 있다. 알고보니 메시아 교단에서 세이렌을 납치해 반항하는 사람들을 세뇌해서 무보수 노동으로 부려먹고 있었고, 주인공에 의해 개발살난다. 풀려난 세이렌은 인간남친과 함께 어디론가 조용한 곳으로 떠난다.

아르카디아 에리어
메시아 교단의 요인들이 천년왕국이 실현되었을때 어떤 세계가 되나 알기 위해 테스트 용으로 만든 지역. 이 에리어 안에서는 죽음을 제외한 모든 재앙을 피할수 있다고 한다. 철저하게 보안이 되어 있어서 터미널로만 들어갈수 있다. 총 책임자는 기멜. 정체는 가상현실 장치.. 시민들은 죄다 가상현실 장치를 이용해서 자기가 원하는 것만 보고 있다. 그러니 당연히 재앙을 피할 수 있는 것이다. 기멜이 주인공에게 죽은 후 장치를 박살내거나, 그냥 현상 유지하거나, 책임자의 이름만 바꾸고 놔둘 수 있다.

홀리타운
메시아 교단의 대교회가 있는 지역. 마왕 킹 프로스트가 마을을 싹 얼려버렸지만 센터에서 파견한 알레프의 손에 쓰러진 뒤 다시 활기를 되찾는다. 사실 킹 프로스트 자체가 메시아 교단에서 알레프의 경험치로 써먹으려고 프로스트를 꼬드겨 진화시킨 존재였던 사실이 비저너리 파일에서 드러난다.

센터
메시아 교단의 수뇌부와 선택받은 우수한 시민들이 머물고 있는 장소.
도쿄 밀레니엄의 핵심으로 다른 에리어의 모든 기능을 통제할 수 있다.
모든 지역의 생사여탈권을 쥐고 있는 곳.
원로원도 이곳에 거주하고 있으며 자인이 먼저 쳐들어갔다가 원로원에게 석화당하고 뒤이어 주인공이 쳐들어와 원로원을 죄다 박살내버린다.

로우 루트
케텔 성에서 알레프와 함께 대마왕 루시퍼를 쓰러트린 사탄은 방주로 이동해 신의 명령으로 지금의 인류를 정화하고 선택받은 신인류들과 새로운 세상을 건설하기 위해 지구로 메기도 아크를 발사한다. 메기드 아크로 인해 지구의 인류는 사멸한다. 당연히 도쿄 밀레니엄도 소멸.

뉴트럴 루트
루시퍼와 사탄을 모두 해치운 알레프는 우주에 있는 방주로 가서 유일신도 없애버리는데 성공한다.
알레프와 유일신의 싸움은 지구에서는 거대한 천둥소리로 들렸고 그 내막은 아무도 알지 못한다. 지구로 돌아온 둘은 조용히 도쿄 밀레니엄의 밤거리로 걸어가면서 엔딩.

카오스 루트
루시퍼가 방주를 막기 위해 구두룡을 발동시켜서 도쿄 밀레니엄을 파괴한다.
도쿄 밀레니엄의 시민들이 전멸하긴 했지만 우주로 가는 방주를 막지는 못했고 루시퍼와 주인공은 방주로 쫓아가서 사탄과 YHVH를 박살낸다..