네메시스 프라임은 유니크론이 만들어낸 옵티머스 프라임의 클론으로, 몸 속에 '데드 매트릭스'를 지니고 있다.

유니버스 사건 이후 네메시스 프라임과 람젯은 차원을 넘어 사이버트론 세계로 넘어온다. 둘은 데드 매트릭스의 힘을 사이버트론에 방출시키려고 했다.

그러나 RID 차원에서 넘어온 옵티머스 프라임과 울트라 매그너스에게 패배한다.

파일:external/tfwiki.net/Universe2003toy-NemesisPrime.jpg
이 네메시스 프라임의 디자인은 비스트 워즈 네오의 주인공, 빅 콘보이와 똑같은데 완구 모델을 우려먹은 것이기 때문이다. 이 모델은 2004년 한정판으로 발매되었다. 비스트 워즈 네오는 미국에 방영되지 않았기 때문에 이런 식으로나마 발매해주는 것이 미국 팬들 입장에서는 좋을 수도.... 게다가 간지폭풍의 컬러링으로 나와 주셨다.

방영 당시 일본에서 한정판으로 발매된 블랙 빅 콘보이보다 훨씬 간지나는 컬러링이었기 때문에 일본에서도 인기가 많았다.

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