1921년, 북간도에서 출생하였으며, 문익환 목사의 친동생이자 문성근의 숙부이다.

개신교 목사로 한신대학교 교수를 역임하면서, 형과 더불어 민주화 운동을 하였다. 1988년 평화민주당 소속으로 제13대 전국구 국회의원과 평화민주당 부총재를 지냈으며 이후 도미하여 코네티컷주와 뉴저지를 오가며 재미동포단체에서 통일운동을 하였다. 2002년 노무현 대통령을 지지하였고 참여정부 시절 광주 민주화운동 특별위원회 위원장을 맡았다.

2019년 3월 9일 오후 5시 50분에 소천하였다.