말루쿠 주는 인도네시아의 말루쿠 제도에 있는 주이다.

네덜란드가 말루쿠 제도를 발견해 통치했고, 네덜란드인들의 영향을 받은 주민들은 대다수가 개신교를 믿었다. 인도네시아 독립전쟁 이후 말루쿠는 인도네시아 공화국에 합병되었다. 1950년대에 남 말루쿠 공화국이라는 미승인국이 선포되었다가 1963년에 멸망했다.

스쿠바 다이빙으로 유명한 지역이다.

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말루쿠주는 는 인도네시아에서 아체, 파푸아 주, 서파푸아 주, 북 술라웨시 등과 함께 손꼽히는 치안 우범지대이다.