나가사키현의 서북부에 위치한 도시이다.

과거에는 히젠국 마츠우라군에 속한 지역으로, 히라도번과 막부령(마츠우라씨)에 속했다. 그 뒤 히라도현에 속했다가, 히라도현이 나가사키현으로 병합되며 나가사키현 소속이 된다.

마츠우라군은 1878년 동서남북으로 4분할 되게 되는데 서쪽과 동쪽은 사가현 소속으로, 북쪽과 남쪽은 나가사키현 소속이 된다. 그 때 마츠우라군의 북쪽에 속해있던 이 지역은 키타마츠우라군 소속이 되었다.

키타마츠우라군의 시사마치(志佐町)와 카미시사무라(北志佐村), 츠키노카와초(調川町), 신미쿠리야초(新御厨町)가 1955년 합병하여 시로 승격되었으며, 2006년에 인근 섬 지역인 타카시마초(鷹島町)와 후쿠시마초(福島町)가 합병하여 현재의 모습이 되었다.

고속도로는 니시큐슈자동차도가 지나며, 관내에 위치한 나들목은 이마부쿠IC와 츠키노카와IC, 마츠우라IC가 있다. 또한 국도는 202번 국도가 지나고 있다.

시내버스는 사이히 자동차와 쇼와 자동차에서 운행하며, 그 외에도 마츠우라 관광버스(마츠우라시 승합버스)와 타카시마 승합택시가 있다.

고속버스는 히라도시의 버스회사인 사츠키관광(さつき観光)에서 운행하며, 히라도 - 마츠우라 - 카라츠 - 후쿠오카(캐널시티)를 잇고 있다.

마츠우라 철도의 니시큐슈선이 지나고 있으며, 중심역은 마츠우라역이다.

후쿠시마섬에서 이마리시의 우라노사키항으로 가는 페리가 운행하고 있다. 그 외에도 타카시마로 가는 노선도 있다.

어업이 활발하며 특히 고등어가 유명하다. 어업 외에는 발전사업이 활발하며 큐슈전력과 전원개발이 각각 화력발전소를 두고 있다.