메트로이드 시리즈에 등장하는 최종 보스.

조인족(쵸죠)이 만들어낸 자율형 생체 컴퓨터로 행성 제베스의 전반적인 생태 관리와 메트로이드들을 제어하기 위한 목적으로 만들어졌다. 그러나 그 높은 지능과 능력에 취해 흑화해버린다. 이윽고 우주를 지배하려는 야욕을 품고 자신의 조물주인 쇠퇴해가는 조인족을 배신해 앞날이 창창한 우주해적과 손을 잡고 조인족을 멸망시킨다. 사무스 혼자에게 한큐에 멸망당한건 잊자

첫 등장이며, 크레이드와 리들리를 모두 잡아야 타워리안으로 가는 길이 열린다. 타워리안에 방어시스템을 구축하고 메트로이드와 방어시스템을 이용하여 사무스 아란과 싸웠지만 결국 관광당한다(...) 실제 게임상에서는 시험관안에 커다란 뇌가 둥그러니 들어있어서 상당히 징그럽다. 다만 사방에서 쏟아지는 링형 적들을 피해가며 유리관을 깨고 본체를 공격해야하는데 난이도는 별로 어렵지 않다. 슈퍼미사일 몇방이면 뭐...

우주 해적과 함께 더욱 강력하게 부활한다. 1편과 마찬가지로 유리관을 깨고 뇌를 쓰러뜨리게 되는데 이번에는 몸체까지 붙이고서 등장해 강력한 공격으로 사무스를 궁지에 몰아넣지만 베이비 메트로이드의 간섭으로 끝장내는데 실패하고 결국 행성 제베스도 자폭시켜 함께 완전히 소멸하고 만다. 이때 공룡을 연상케하는 형태랑 진중한 BGM으로 양덕들에게 엄청난 임펙트를 주었다.

마더 브레인과 무척 비슷한 유기 컴퓨터인 오로라 유닛들이 등장하는데 이들은 은하 연방에서 만든 것으로 올림푸스 기함이나 여러 시설에서 사용한다. 그중 오로라 유닛313은 원래 연방함선 발할라(G.F.S Olympus)에서 사용하던 컴퓨터였는데 다크사무스가 우주해적을 이용해 함선의 훈련임무 도중에 공격해 오로라 유닛313만 함선에서 뽑아간다. 이후 다크사무스에게 조종당해 행성 페이즈의 관리 시스템으로 이용된다. 역시 사무스가 무찌름으로써 원작에 대한 적절한 오마쥬와 함께 프라임 시리즈를 훌륭하게 마무리 지었다.

게임 시작부분부터 슈퍼 메트로이드 마지막 부분의 마더브레인이 사무스에게 처치당하는 장면을 동영상으로 보여주면서 잠깐 모습을 보인다. 2010년의 격차에 맞춰 그래픽이 좋다. 근데 전체적인 게임 평가가 그 모양이니...

그리고 후반부에는 은하연방이 메트로이드를 생체병기로 사용할 목적으로 마더 브레인을 흉내내서 만든 MB가 등장한다.

Dorky에서 패러디가 되었는데 여기선 마더 브레인이 아니고 파더 브레인이 되었다. 이름 그대로 말투가 아저씨같고 외국식 아재개그를 마음대로 구사한다. 본가 쪽 마더 브레인과 다른 점은 진중한 모습은 하나도 없고 장난끼 많은 동네 아저씨같다. 보면알겠지만 파더브레인은 우주정복이라는 야망이있나 궁금하다..

스매시브라더스 시리즈에선 대난투 for 3DS / Wii U부터 어시스트 피규어로 등장한다.