김진욱 감독이 새로 사령탑에 올랐으나, 얼굴마담 역할만 하고 있다는 말이 돌고 있다. 국내야구 갤러리에서는 이토 쓰토무 수석코치가 실권을 쥐고 있다는 듯. 이토 : 빠가 진욱 ! 내가 화장실 간 사이에 이혜천을 올리다니![1]

개막전에서 니퍼트가 털리면서 패배했으나, 4월 8일에 난타전 끝에 시즌 첫 승을 올렸다.

시즌 초반에는 며칠간 선두를 달리기도 했으나, 이번 시즌도 5월에 부진하면서 홈경기 8연패를 끊기도 하는 등 안정적인 모습을 보이지 못하였다. 상위권과 하위권을 왔다갔다하던 상황. 절대강자가 사라진 상황에 팀별 순위 변동이 압도적인 꼴찌 한화 이글스만 빼곤 말 그대로 혼돈의 카오스라 상위권을 굳건히 지키기 힘들었다.
특히 시즌이 흐르며 김진욱 감독의 이해할 수 없는 팀 운용으로 두산팬들 사이에서 논란이 일어나기도 했다. 자세한 내용은 김진욱 항목 참고.

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선발 투수 임태훈의 6이닝 1실점 1자책점의 호투 속에 두산이 무난한 승리를 거뒀고 임태훈은 이날까지 3경기에 선발 출장하여 3승을 거두었다. 평균자책점 1위도 유지. SK의 선발 투수 마리오 산티아고는 8⅔이닝 2실점 1자책점으로 매우 훌륭한 피칭을 선보였지만 SK의 물타선 때문에 한국 무대에서의 첫 패를 기록했다. 1점만 더 내라고 빠따 시발들아!

경기의 포인트는 단 1안타를 뽑은 SK의 물타선과 그 1안타가 최정이 기록한 솔로 홈런[2]이라 겨우 영봉패는 면했다는 점, 그리고 인필드플라이 상황에서 태그업했다가 더블아웃당한 잉금님의 시원한 본헤드플레이 등. 물론 7개의 안타에 4볼넷을 얻고도 달랑 2점만을 내면서 팀컬러를 되새김질한 두점 베어스도 자랑할 처지는 못 됐다.

그나마 이날 경기 중에선 유일하게 평범하고 야구 같은 야구(…)를 했다. 투수의 존재 자체가 문제인 건 넘어가고, 경기 내내 1안타 뽑은 게 야구같은 야구가 되는 매직 밑의 경기들이 없으면 이 경기도 재조명되었을지도 몰랐다.[3]

2012년 6월 17일 용덕한을 롯데 자이언츠에게 내 주고 김명성을 대신 영입했다. 김진욱 감독의 운용과 타선 약화로 인해 부진하고 있던 두산이었으나 13일 롯데전을 기점으로 팀이 살아나기 시작했다. 29일~7월 01일 롯데전에서 5/22~24 이후 첫 스윕승을 거두었다. 하지만 마무리 스캇 프록터가 점점 털리기 시작했다.

7월 07~08일 그동안 고전했던 LG 상대로 2연전을 모두 쓸어담았다. 상승세를 이어가더니 2위까지 올라갔다.

7월 9일, 이성열을 넥센 히어로즈에 넘기고 오재일을 영입하였다. 이에 대해 두산 베어스 공식 홈페이지의 커뮤니티인 곰들의 대화에서는 1등급 한우를 천하장사 소시지와 바꾸었다고 혹평하였다. 그러나 이 트레이드는 2013년부터 본격적으로 재평가받기 시작하는데...[4]

7월 13~19일 SK, KIA와의 원정경기에서 1승 4패[5]를 기록하면서 올스타 휴식기에 접어들었다.

올스타전이 끝난 후, 8월에 접어들면서 꾸준히 2위 자리를 지키고 있다. 특히 싸대기 동맹 관계였던 삼성 라이온즈에게 11승 3패로 강한 모습을 보이고 있다는 점이 주목할 만하다. 8월 7~9일까지 벌어진 한화 이글스와의 대전 원정에서 스윕승을 챙기며 삼성과의 경기차를 1.5까지 좁혀 놓았다. 이 때문에 두산 베어스 갤러리에서는 삼성전에서 이기는 선수들을 앱등이, 스티브 잡스에 비유하고 있는 중.[6]

하지만 호사다마라고... 8월 17~19일에 벌어진 삼성 라이온즈와의 잠실 3연전에서 각각 0:2, 1:3, 3:11로 처참하게 역관광, 8월 초에 삼성에게 안겼던 스윕의 수모를 글자 그대로 돌려받는 대굴욕을 당하고 말았다(...)눈에는 눈, 스윕에는 스윕 특히 8월 초 삼성을 스윕할 때 나란히 등판한 원투쓰리펀치 김선우, 더스틴 니퍼트, 이용찬이 그대로 나왔음에도 그 때와는 정반대로 처참한 스윕을 당하고 말았기 때문에 여러모로 충격적인 시리즈였다. 당연히 위닝시리즈 내지 스윕까지 꿈꾸던 두산팬들은 말그대로 멘탈붕괴(...) 그런 뼈아프고 충격적인 주말 3연전을 겪으면서 두산은 내심 1위를 빼앗으려는 야심은 커녕 오히려 롯데 자이언츠, SK 와이번스에게 밀려 순식간에 4위로 굴러떨어졌다. 그 충격으로 8월 남은 경기들을 2승 4패 2우취로 마무리했다.

KIA를 비롯한 하위권 팀이 부진하면서 9월 13일 기준으로 5위 KIA와의 승차가 6으로 벌어지면서 일단은 숨통이 트였다. 대신 0.5의 승차밖에 나지 않는 3위 SK와 3 정도의 승차가 존재하는 2위 롯데와의 상위권 다툼이 치열해지게 되었다. 1위를 달리던 삼성도 롯데에게 3승차까지 따라잡히면서 정말 끝날 때까지 끝난 게 아닌 상황이다. 하지만 9월 22~23일 SK전을 스윕 당하면서 사실상 준PO행이 유력해지고 말았다.

10월 6일 LG와의 경기를 끝으로 정규 시즌 3위를 기록하며 준PO행을 확정지었다. 하지만 막판에 부상 선수들이 속출한 점이 심히 우려스럽다. 정수빈은 안와벽 골절로 사실상 시즌아웃되었고, 손시헌도 역시 검지 미세 골절로 포스트시즌 진출이 불투명하다. 김현수나 이종욱도 몸상태가 심히 좋지 않지만 그나마 가을야구는 출전할 수 있을 정도. 그나마 투수진은 널널하다. 더스틴 니퍼트, 이용찬, 노경은의 선발 쓰리펀치가 건재하며, 김선우도 포스트시즌 합류를 노리는 상황. 불펜에는 스캇 프록터, 홍상삼 필승카드가 있어 든든하다. 또한 화수분이라는 말이 무색하지 않게 군에서 막 제대한 민병헌과 여태껏 주전경쟁에서 밀리던 내야수 김재호 등이 속속히 1군으로 합류하면서 구멍을 메꿔주었다.

그런데 포스트시즌에 진출한 후 예상치도 못한 곳에서 문제가 터졌다. 김현수 등 돌아온 베테랑들의 선전이나 모처럼 롯데의 본헤드 플레이두산의 호수비 플레이가 나왔음에도 불구하고, 필승조로 꼽히던 홍상삼이 매 경기마다 경기를 뒤엎는 홈런을 맞는 대참사가 벌어지고 만 것. 거기다가 트레이드된 용덕한이 가을 버프를 받으며 뜬금없이 미쳐가기까지 투수운영 등 총체적인 부문에서 김진욱 감독의 경험 부족이 적나라하게 드러나고 말았다. 결국 시리즈 전적 1승 3패로 탈락하고 말았다. 자세한 사항은 한국프로야구/2012년 포스트시즌 문서 참조.

시즌이 끝난 후로도 흉흉한 분위기가 가실 기미를 보이지 않았다. 당장 고창성이 NC의 20인외 특별 지명으로 유니폼을 갈아입게 되었고, 홍성흔이 난데없이 두산으로 돌아오면서 보상 선수 문제까지 발생. 게다가 프런트측에서는 홍성흔을 불러들인 근거로 "타선의 중심축이 될 선수가 필요했다"를 제시했는데, 이에 대해 팬들의 반발이 거셌다. 김동주는 엿바꿔먹었냐 일각에서는 김동주를 내치려는 게 아니냐는 의혹까지 돌았다. 설상가상으로 보상선수로 2012년 준수한 5선발로 활약한 김승회를 내어주고 말았다.

또한 일본인 코치들의 팀 적응 문제도 화두로 떠올랐다. 12시즌 종료 이후 이토 쓰토무, 고마키 유이치 코치와 결별하고 일본인 코치를 한 명 영입했는데, 그 사람은 흑역사가 되어 버린 이시야마 카즈히데.