2003년 7월 16일자 기사로 당시 굿모닝시티 분양사기 사건의 핵심인물인 윤창열 회장으로부터 이해찬, 김원기, 문희상, 신계륜 열린우리당 소속 정치인과 한나라당 소속의 손학규 경기도지사의 형 등이 금품을 수수받았다고 보도했다. 하지만 이것은 오보로 밝혀졌고 동아일보는 24일자 신문 1면에 정정보도를 내며 해당 기사의 오보 사실을 알리고 사과를 했다.# 보통 언론사들이 오보를 냈더라도 정정보도를 저렇게 1면에 크게 싣는 경우는 보기 힘든 일이었기에 이에 대한 칭찬도 있었다.#

2010년 4월, 조전혁 한나라당 의원이 전국교직원노동조합에 가입되어 있던 교직원들의 명단을 공개하였다. 이 때 동아일보의 인터넷 사이트인 동아닷컴은 조전혁 의원이 공개한 자료를 그대로 게재하였고, 결국 전교조에서 제기한 민사소송에서 패소하면서 배상금을 물어주게 되었다. '전교조 명단 공개' 조전혁 의원 3억 배상

동아일보의 희대의 자충수이자 돌이킬 수 없는 실수를 저지른 것으로 평가되는 보도다. 길게 언급할 필요도 없이 2016년 10월 최순실 특검이 결정된다. 새누리당조차도 당시에는 박관천 경정의 발언에 대해 정치 공작, 음해성 발언, 배후 음모설을 주장해왔었지만 결국 2016년 10월 26일 긴급 총회를 열어 특검을 수용한다.

당시 진보 언론을 제외한 다른 언론들에서도 해당 폭로에 대해 황당하다는 반응이었지만 동아일보처럼 크게 이슈화 하면서 비판하진 않고 '이러이러한 발언을 했다. 다만 이를 입증할 증거는 없다.' 식으로 기사를 내보내는 정도에 그쳤다.

2017년 8월, 뉴스타파의 보도로 밝혀진 삼성그룹에서 보도청탁한 언론계 인물들 중에서 동아일보에서 오랫동안 주필을 맡아왔던 배인준 씨가 있는 것이 드러났다. 관련 기사 동아일보는 특히나 김재호 사장의 동생인 김재열이 제일기획 사장으로 삼성그룹과 인척관계를 맺고 있기 때문에 꽤 오랫동안 삼성그룹으로부터 청탁을 받아왔던 것으로 보여진다.

동아일보 김재호 사장의 딸이 하나고등학교 부정 편입 고발 사건에 연루되었다. 입시과정에서 면접점수가 불명확한 이유로 변경된 것인데, 검찰은 점수가 바뀌었더라도 합불에는 영향이 없었다고 말하며 불기소 처분했다.###

2021년 1월 검찰 재수사가 진행 중이다.#

사주인 김재호 사장의 딸이 동아일보 기자로 합격해 입사했다. 부정 채용이라는 근거는 없으나 이에 대해 공정성에 대한 비판의 목소리가 있다.# 다만 동아일보는 원래 가족기업이다.[1]

2018년 5월 30일 <'김일성 사망' 적중 역술•무속인들의 예언…"김정은, 내년 결정적 위기">란 기사를 실었는데 당연히 비과학적인 내용이라 논란만 되고 기사는 내려졌다. 자매사인 채널 A도 몇해 전 이름 궁합이나 역술인을 섭외해 정치 평론을 하는 등 동아일보는 미신을 너무 좋아하는 것 같다. 아예 안영배라는 논설위원이 '도시와 풍수'라는 시리즈물을 연재하고 있을 정도다.