2004년 8월 26일 K리그 리그컵 최종전이 성남종합운동장에서 열렸다. 원정팀이었던 성남 일화 천마는 대전에 승리할 경우 우승컵을 품에 안을 수 있었는데 후반전 김도훈의 골로 1-0으로 승리하며 우승팀으로 등극하였다. 그러나 대전의 최윤겸 감독과 임기한 코치는 김도훈이 오프사이드 위치에 있었다며 격렬히 항의하였고 이로 인하여 경기가 약 20여분간 지연되었다. 또한 경기 종료 후 격분한 10여명의 대전 팬들이 그라운드로 난입하여 성남의 우승 세레머니를 저지하고 우승컵을 깨뜨렸다. 이로 인하여 최윤겸 감독과 임기한 코치, 박철, 김종현, 이무형 선수와 대전 구단이 징계를 받았다. 여담으로 해당 오프사이드 판정은 부심이 제대로 본 판정으로 밝혀졌다.

2006년 K리그 드래프트에서 번외지명으로 대전에 입단한 배기종[1]은 데뷔시즌부터 엄청난 활약을 보이며 번외지명 신화를 쓰고 있었고 대전 팬들은 최신기종이라는 별명을 붙여 줄 정도로 배기종을 좋아했다. 이 활약에 다른 팀들도 배기종을 주목하기 시작했고 여러 팀들이 배기종에게 접촉했고, 배기종은 대전 구단 몰래 전남 드래곤즈과 접촉했다 적발되었고, 대전 구단은 처벌 대신 수원 삼성 블루윙즈에서 좋은 조건으로 배기종에 대한 제의를 넣었고[2] 구단은 배기종을 수원으로 이적시키기로 결정했지만 이미 전남으로 마음이 기울어 있던 배기종은 구단의 이같은 결정을 거부하고 전남행을 고집했고, 이에 구단은 배기종을 임의탈퇴시키는 강수를 둔다. 임의탈퇴가 풀리지 않으면 수원도 전남도 갈 수 없는 진퇴양난에 처한 배기종이 결국 수원행을 수락하는 것으로 일련의 파동은 마무리된다.

임의탈퇴 제도를 구단이 어떤 식으로 악용할 수 있는지, 또 그 제도가 선수의 선택권을 어떻게 침해하는지 보여 준 사례.[3] 참고로 타의로 수원 유니폼을 입은 배기종은 이적 초반엔 2군에 머물다가, 몇 번의 선발 기회에서 차범근 감독에게 깊은 인상을 남기면서 2008년 시즌 한동안 에두와 함께 주전 투톱으로 구단의 상승세를 이끌며 팀의 K리그 우승에 일조했고 수원 팬들은 에두-배기종 투톱에 환상의 커플이란 호칭을 붙여 주었다.

한편 이 사건으로 인해 배기종은 대전 팬들 한정으로 배신기종이란 별명을 얻었다.

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최은성은 대전이 창단할 때부터 대전의 골문을 지켰고 15년 동안 구단의 상징과도 같은 존재였다. 팔에 대전의 엠블럼을 문신할 정도로 최은성의 대전 사랑은 각별했다. 그런 최은성을 구단에서 재계약을 하지 않겠다며 대전팬들 사이에서뿐만 아니라 K리그 전체에 뜨거운 논란을 불러일으켰다. 대전 서포터 퍼플크루는 서포팅 중단이라는 초강수를 두었고, 경남FC와의 원정 개막전과 최은성이 대전이고 대전이 최은성이다라는 걸개를 내걸었으며, 전북 현대와의 홈개막전에서 응원용 현수막은 거꾸로 걸고 최은성 사태를 개탄하는 현수막과 피켓만 똑바로 들고 시위를 펼쳤다. 그리고 홈개막전에선 전반전 21분까지 침묵으로 일관하며 김광희 사장의 사임을 요구하였고, 결국 최은성 사태에 책임을 지고 김광희 사장은 물러났다.

자존심에 큰 상처를 입은 최은성은 은퇴를 선언했으나, 골키퍼가 궁했던 전북 현대 모터스에서 적극적으로 구애를 날렸고 결국 전북과 계약이라는 아무도 예상 못한 방법으로 다시 K리그 그라운드로 서게 된다. 최은성은 전북에서 2014년 플레잉 코치로 1년 계약을 맺고 활동 도중 7월 선수 은퇴를 선언했다. 이해 전북이 리그 우승을 차지하면서 최은성은 커리어 처음으로 우승컵을 들어올리는 감격을 맛봤다.

2012년 새로 개장한 인천축구전용경기장에서 인천 유나이티드와의 원정경기를 1-2로 패한 후 인천 마스코트의 도발에 피꺼솟분노한 대전 원정팬이 경기장으로 난입하여 마스코트를 폭행한 사건. 인천 마스코트 유티가 두루미를 형상화했기에 비공식적으로 두루치기 사건으로 명명되었다. 사건에 대한 책임으로 대전 구단은 홈경기 서포터스 폐쇄및 연맹에 벌금을 내야 했고, 해당 서포터즈는 1년간 대전 시티즌 경기 직관 금지 징계를 당했으며, 인천 구단측은 관중관리 소홀에 대한 책임으로 무관중 경기를 소화해야 했다.[4] EPL의 사례에서 힌트를 얻어 관중석과 그라운드가 바로 이어져 있는 컨셉으로 개장한 인천축구전용경기장이었으나 그만큼 안전관리에 더 주의를 기울여야 한다는 교훈을 남긴 사건.

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2013년 6월 대전의 서포터로 열렬한 활동을 하던 팬 박모양이 스스로 목숨을 끊는 안타까운 일이 발생해 K리그 팬들을 숙연하게 했다.

2013년 대전 시티즌 홈폐막전 종료 후 이벤트를 진행하는 과정에서 외국인 관중이 S석 관중석에서 추락하는 사고가 발생했고, 결국 이날 예정되었던 이벤트는 모두 취소되었다.

다행히도 외국인 관중은 제빠른 응급처치로 생명을 지킬 수 있었다고 한다.

2015 시즌을 앞두고 대전 시티즌이 자유계약으로 안현식을 영입하였으나, 안현식은 과거 승부조작을 한 전과가 있는 선수였고, 2011년 승부조작 사태에 있어서 과거의 불미스러운 일로 가장 큰 피해를 겪었던 적이 있었던 팀이 바로 대전 시티즌 구단이었기에 승부조작에 있어 민감했던 대전 팬들의 반발을 샀으며, 결국 안현식 영입은 철회되면서 안현식은 원소속팀인 고양으로 복귀하였다.

2015년 전득배 사장 부임 이후 전임 사장인 김세환 사장이 선수 선발 과정에서 외부의 압력과 입김을 철저히 배제하기 위한 철저한 검증 과정을 위해 발족한 선수선발위원회를 해체시키고, 불필요하게 대전 선수단의 규모를 확대시키면서 불필요하다고 판단해서 폐지시킨 사무국장제 부활과 옥녀봉체육공원 사업팀 신설을 추진하는 등 독단적이면서 비효율적인 구단 운영을 펼치자 대전 시티즌 직원들이 반기를 들고 K리그 최초로 노조 위원회를 출범시켰다.#\

대전시티즌 노조는 4월 8일 공식 성명서를 통해 "우리 대전시티즌 사무국의 목표는 선수 청탁 및 인사 청탁을 철저히 배제하고, 선진 축구단 경영과 팬서비스 정신으로 시민들에게 사랑받는 “100년 클럽”을 만드는데 있다"며 민주노총/전국공공운수노동조합 대전시티즌 지회를 설립했다고 알렸으며, "최근 대전시티즌 선수단 경기 결과의 책임을 전적으로 사무국(선수단구성위원회)으로 전가하는 일련의 발언과 행동에 반대합니다. 특히, 선수단 구성위원회에 대한 악의적인 발언에 심각한 유감을 표하는 바입니다. 선수단 구성위원회는 ‘선수 청탁의 악습’을 사전에 방지하여 ‘투명하고 공정하게 선수를 선발’하자는 취지로 구성되었음에도 불구하고, 위원회를 없애고자 한다는 것은 선수청탁의 한가운데에서 온갖 부정비리를 일삼겠다고 선언하는 것이나 다름없는 것입니다."라는 입장을 밝히면서 "직제 개편을 통해 새로운 팀(옥녀봉체육공원 사업팀)과 사무국장 제도를 신설하고자 하는 일련의 시도에 대해 반대합니다. 옥녀봉체육공원 운영은 현재 유소년지원팀에서 원활하게 운영하고 있는 상황입니다. 직원수 부족에 따른 업무 과중의 문제가 있으나, 이는 신입사원 공개 채용을 통해서 충분히 해결할 수 있는 사안이지, 단지 일부 민원(주차, 소음) 있다는 이유로 새로운 사업팀을 만드는 것은 매우 비합리적이고 비효율적인 발상이라 할 것입니다. 또한 사무국장 제도 부활의 문제도, ‘사무국 예산 절감을 통해 7월 선수단 구성을 준비하겠다’는 대표이사 본인의 발언과도 맞지 않을뿐더러 직원들의 업무가 과중되는게 문제라면, 업무에 걸맞은 직원을 채용하면 되는 문제입니다. 굳이 새로운 팀을 만들어 팀장을 선임하고, 사무국장까지 새로이 선임하는데 추가되는 예산(인건비등 1억원이상 예상)에 비해 업무의 효율성과 정당성을 찾아보기 힘든 상황입니다. 그럼에도 불구하고, 직제 개편을 통해 팀을 신설하고, 사무국장 선임을 강행한다면 이는 현재의 대전시티즌 경기 결과를 빌미로 한 다른 의도로 밖에 볼수 없음을 밝히는 바이며, 대전시티즌의 미래를 가로막는 행위임을 엄중히 밝히는 바입니다."라는 내용의 대전시티즌 노조는 전득배 신임 대표 이사가 진행 중인 직제 개편에 대해서도 반대 입장을 밝혔다.

2015시즌 중반 조진호 감독이 사임하면서 신임 감독으로 최문식 감독을 선임되었는데, 문제는 전득배 사장이 구단 직원들은 물론 구단주인 권선택 시장에게까지 어떠한 말 한마디 없이 독단적으로 결정했다는 사실이 알려져 논란이 일었으며, 이로 인해 권선택 시장이 크게 화를 냈다고도 한다.[5]

구단주에게 보고 없이 감독을 사실상 선임한 것도 모자라, 선수단 운영팀 스카우터와는 협의하면서 정작 담당 팀장은 배제시키면서 구단 위계 질서를 원만히 이끌어야 할 대표이사가 사실상 앞장서서 구단 위계질서를 무너뜨린 꼴이 됐다는 비난을 자초하였다.

결국 이러한 막장 구단 운영에 시즌 내내 대전 팬들로부터 사퇴 압박을 받는 등 외면을 받았다.

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2015시즌 중반 대전의 일부 선수들이 경기 종료 후 클럽에 갔다는 사실이 알려지면서 구설수에 올랐다.

이후 대전 시티즌 팬들은 이러한 선수단의 해이해진 정신 상태를 비판하기 위해 홈경기에서 "둔산에서 '홈런' 치지 말고 노은에서 '골'을 넣자!"라는 내용의 걸개를 내걸기도 하였다.#[6]

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인천 유나이티드와의 2015시즌 홈 폐막전 종료 후 부진한 성적으로 강등된 것에 분노한 대전 팬들이 비판하는 내용의 걸개를 들고 선수단 버스 앞에 서있자 최문식 감독이 그들 앞에 가서 절을 한뒤 죄송한다는 말과 더불어 다음 시즌 준비 잘해보겠다고 말하자 이에 분노한 팬들이 최문식 감독을 향해 강한 야유를 날렸고, 이에 최문식 감독의 어머니가 이러한 팬들을 나무라면서 충돌이 이어졌다.

이후 경호원들이 말리면서 충돌은 일단락 되었다.

나중에 한 팬이 라디오를 통해 이 당시 팬들은 최 감독의 어머니가 현장에 있는 줄 몰랐으며, 알았더라면 이 정도로까지는 안했을 것이라고 언급할 만큼 최문식 감독의 어머니가 최문식 감독을 편에 서서 팬들에게 뭐라 한 것은 어찌보면 당연한 일이었다.

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2017년 전수현이 대전 시티즌에 입단하면서 공식 오피셜이 나왔는데, 문제는 구단 창단 20주년 기념 엠블렘이 조기 유출되며 논란이 일었다. 전수현 영입 오피셜 기사 속 사진에서 전수현이 대전 구단의 저지를 입고 있었는데, 문제는 그 저지에 대전 20주년 엠블렘이 붙어있었기 때문이었다.

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이후 대전 측에서는 다른 사진으로 대체해 다시 오피셜을 내보냈지만 이미 때는 늦은 뒤였다.

2017시즌 중반 대전에 입단한 브루누 칸타녜지는 대전에서 활약을 인정받아 2018시즌까지 계약을 연장했지만 2018시즌을 앞두고 새로 부임한 김호 사장이 브루노에게 방출 통보를 날리고 일방적으로 계약을 파기하였다는 사실이 밝혀지면서 구설수에 올랐고, 이러한 김호의 일방적인 계약 파기에 브루노 측은 FIFA의 선수 보호 규정에도 어긋나는 행동이라며 반발하였으며, FIFA에 제소를 비롯해 계약된 올 시즌까지의 잔여 연봉을 요구할 것임을 밝혔다. #

이러한 일로 브루노는 전지 훈련에 참가하지 않고 홀로 클럽하우스에 남아 몸을 만들었으며, 결국 FC 안양으로 이적하였다.

2018년 대전의 2군 감독으로 부임한 이기범 감독의 둘째 아들인 이지호가 팀의 선수로 입단했다는 사실이 밝혀지면서 구설수에 올랐다.

또한 이지호가 과거 협성중학교의 축구부로 활동했을때도 팀의 감독이 아버지 이기범이었으며, 통영고등학교와 예원예술대학교의 축구부로 활동할 때에는 대전 시티즌의 대표 이사인 김호가 팀의 기술고문 및 총감독이었다는 사실이 밝혀졌고, 이지호 뿐 아니라 이지호의 동생인 이해웅 역시 과거 이기범과 김호가 있는 신갈고등학교 축구부에 입단했다는 사실 등 과거의 행적들까지 밝혀지면서 구설수에 올랐다.

결국 이지호는 반년만에 대전을 떠나 제주 유나이티드로 이적하였다.

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2018년 3월 11일 안산 그리너스 원정 경기를 앞두고 대전 시티즌 구단이 구단에 반하는 행동을 한 팬 한 명을 대전 구단이 원정 버스에 탑승하지 못하게 했다는 사실이 밝혔지며 논란이 일었다.

결국 이번 팬 원정 탑승 거부 사태에 대해 대전 시티즌의 서포터즈인 대저니스타는 원정 버스 탑승 거부 및 원정 응원 거부 보이콧을 선언하였으며, 이 사태에 대한 구단의 공식적인 사죄를 요구하였다.#

2018시즌 내내 대전 시티즌 팬들 및 정상화추진위원회는 대전 시티즌 구단을 향해 간담회 개최를 요구했으며, 결국 대전 구단은 간담회를 개최한다는 입장으로 돌아섰는데, 문제는 정추위 대표가 거부한 날짜에 간담회를 개최하는 것으로 일방적으로 결정하였으며, 이에 소통하기 위한 자리를 소통 없이 결정한다며 비난을 받아야만 했고, 이에 정추위는 간담회 불참을 선언하며 갈등은 더 깊어져만 갔다.#

2018년 4월 21일 성남 FC 홈경기 종료 후 김호를 향해 연맹에서 문제가 없다고한 대자보를 왜 홈경기날 경기장에 못붙이게 하는지에 대해 항의를 하고 있는는 대전 시티즌 팬이자 대전 시티즌 정상화추진위원회 회원을 향해 김예성 선수의 아버지가 김호의 편에 들어 반말과 손가락질을 하고 무력으로 밀쳤다는 사실이 밝혀지면서 논란이 일었다.#[7]

이에 대전 시티즌 정추위 측에서는 대전 시티즌 구단 홈페이지 등을 통해 공식 입장을 내놓으며 김예성 아버지를 비롯한 선수들 가족과 지인 등에게 당부의 말을 전하였다.#