2019년 11월 1일 금융 서비스 강화를 위해 태어난 네이버페이 분할 법인 기업이다.

2019년 상반기에 언론보도를 통해 분할 법인 기업을 세우겠다고 하면서 제 2의 카카오뱅크가 나오는 것이 아닌지 의문이 많았었는데 한성숙 대표이사 사장이 나서면서 금융 서비스를 위해 법인을 분할하는 것은 맞지만, 카카오뱅크처럼 은행업에 진출하는 것은 아니라고 언급 했었고 결국 기존 네이버페이 서비스를 키우기 위해 결정한 것이라고 해석할 수 있다. 그렇게 법인 설립 신청을 하게 되면서 미래에셋대우 에서 약 8000억원 규모의 자본금을 받았고, 개발직을 중심으로 채용을 하면서 열심히 준비를 한 끝에 11월 1일, 운영을 하기 시작했다. 현재는 디자인, 경영 지원 등에서도 채용을 하고 있다.

설립 이후 대표적인 성과라면 멤버십 제도가 있다. 월 4900원만 지불하면 네이버페이에서 결제할 때 받는 포인트 적립금을 더 받을 수 있고 여러가지 서비스[3] 중 4가지를 선택해 동일한 금액에 사용할 수 있다는 장점이 있다. 이 멤버십을 출시하면서 미래에셋대우 하고 파트너십을 맺어서 통장을 출시했고, 우리카드하고 협업해서 우리카드 네이버페이 체크카드를 출시하면서[4] 금융 서비스도 포함하였다.

2020년 9월 1일 더불어민주당 권칠승 의원이 금융감독원 자료를 통해 "수수료가 2018년 2조 970역원, 2019년 2조 4830억원, 2020년 상반기 1조 5450억원으로 매년 늘어나고 있다고 코로나 19로 인해 소상공인 등 자영업 하는 사람들이 어려움을 겪고 있는데 PG사는 막대한 수수료를 가져간다" 라고 의혹을 제기하였다.

네이버 파이낸셜 입장만 정리해놓았다.

기술 발달하고 함께 온라인 결제 시장이 늘어난 것은 사실이고 특히 코로나 19로 인해 결제 건수가 더 늘어나서 그만큼 이익도 늘어났다. 하지만 PG사에서 명시하지 않은 부가서비스 항목도 있어서 수치만으로 막대한 이익을 냈다고 볼 수는 없다고 하였다.

상위 10개사의 PG 수수료는 0.2%에서 최고 2.8%이고 평균 2.2%로 잡혀있다는 의견에는 PG사는 가맹점을 대신해 카드사에 결제를 해주는 사업자이기 때문에 카드사에 기본 수수료를 부과하게 되다보니 수수료 하향을 할 수 없다는 사실을 얘기하였다.

네이버파이낸셜 X 우아한형제들 수수료가 다른 PG사에 비해 높다는 의견에는 단순히 결제대행만 하는 결제형페이하고 다르다면서 다른 PG사하고 달리 주문서를 접수 및 관리, 발송, 교환 등 다양한 기능을 제공하기 때문에 동일 비교가 어렵다고 얘기했다.