남아공과 나이지리아는 20세기에
영국의 지배를 받았다. 남아공 지역이 영국에서 독립했지만, 당시 남아공은
아파르트헤이트라는 악법을 시행하고 있었다. 나이지리아도 영국의 지배에서 벗어났지만, 남아공과는 냉전시기에
아파르트헤이트 철폐운동을 지원했다. 게다가 나이지리아도 아파르트헤이트에 반대 및 항의하기 위해 남아공과는 외교관계를 일절 맺지 않았다. 80년대말에서 90년대에 아파르트헤이트 정권이 붕괴한 이후, 양국은 수교했다. 그리고 양국은
영연방에도 가입했다.
양국은
영연방,
아프리카 연합의 정회원국들이다. 또한, 영국의 영향으로
영어가 공용어로 지정되어 있다. 교류와 협력이 많기 때문에 나이지리아인들이 남아공으로 이주하는 경우가 많지만, 남아공에 입국한 나이지리아인들이 범죄를 저지르면서 사이가 안 좋은 편이다.
디스트릭트9는 나이지리아에서 상영이 금지되는 등 양국관계가 안 좋아지기도 했다.
양국은 영국의 지배와 영향을 받았기 때문에
영국과의 교류와 협력이 많은 편이다.
양국은 아프리카에서 경제적으로 부유하다는 점이 공통점이 있다. 그러다보니 양국간의 경제교류도 활발한 편이다. 하지만 남아공의 경제가 안 좋아지면서 나이지리아쪽의 경제가 우위를 점하게 되었다.
