일제 강점기의 역사와 사실을 서술함에 있어 그 연구비와 재정지원을 일본우파에 가까운 토요타재단에서 받았다. #

# 결국 시민단체에 의해 관련자가 고발당하였다. 낙성대경제연구소는 홈페이지에 도요타재단으로 연구비 지원받은 것을 숨기지도 않고 당당히 드러내고 있다.

식민지 근대화론을 이끌어온 단체인 만큼 이 단체에 대한 비판이나 논란 역시 식민지 근대화론에 대한 비판 및 논란과 거의 일치한다. 식민지 근대화론 참조.

낙성대경제연구소의 이우연 박사가 군함도의 조선인 노동자 강제동원을 부정하는 일본 국제역사논전연구소의 심포지엄에 참가해 "군함도의 조선인들은 강제동원된 사람들이 아니다"라고 주장하여 논란이 된 바 있다. 기사 이우연은 이전부터 '징용', '강제동원'이라는 용어가 좌익들의 역사왜곡이라는 논지를 전개해온 바 있다.

한일 무역 분쟁 와중에 이영훈과 이우연이 출현하는 유튜브 채널 이승만 TV의 영상이 일본 방송을 탔다. 강제징용당한 조선인들은 일본인들과 별반 다를 바 없는 대우를 받았다며 조선인 노동자들이 힘들었다는 것은 역사왜곡이라고 주장하는 내용이 방영되었다. 반일 종족주의가 한국의 베스트셀러가 되었다고 보도되었으며,[1] 이우연에 대한 인터뷰도 했다. 이후에는 일본 채널에 출현해 촛불집회 비판 발언을 했는데 해당 채널이 혐한으로 유명해 논란이 되었다. #

낙성대경제연구소의 이우연 박사[2]가 유엔 인권이사회 행사 참석 당시 '일본에 의한 강제동원은 없었다'라고 말해 논란이 되고 있다. 뿐만 아니라 일본 극우 단체로부터 항공료와 체류 비용까지 지원받아 논란이 되고 있다. 해당 극우 단체 회원이자 이 씨에게 유엔 참석을 제안한 '슌이치 후지키'는 소녀상을 조롱한 유튜버 토니 마라노의 후원자이기도 하다. 이 씨는 역사의 진실을 전 세계에 알릴 기회라고 판단해 유엔에 가자는 제안에 응했다며, 일본 극우 단체로부터 금전적 지원을 받은 것도 떳떳하다고 밝혔다. 뒤이어 그는 극우 단체/극좌 단체 구분없이 역사적인 사실을 공유하고 그걸을 알리는 사람과 앞으로도 계속 활동할 것이라고 답했다. #

이영훈이 류석춘이 강의 도중 위안부 강제동원 피해자를 모욕한 사건을 내부고발한 학생을 지칭해 "인생의 패배자"라는 망언을 했다는 사실이 MBC를 통해 보도됐다. # 마찬가지로, 이우연 역시 류석춘을 옹호하며 위안부가 무슨 신이냐며 글을 올렸다.

이우연은 자신을 비판하는 사람들에게 "국어는 읽을 줄 알아? 책은 읽을 줄 알아? 책이나 좀 읽어봐! 책도 못 드는 인간이 말이야!"라며 자신에 대한 비판자들을 전부 못 배운 사람 취급하는 망언을 한 적이 있다. #

이우연은 반일조장으로 역사를 왜곡하고 있다며, 한일우호를 위해 소녀상과 노무동원 노동자상 철거 및 수요집회 중단을 주장하며 수요집회 반대시위를 하여 논란이 일어났다. 그는 수요집회가 중단될 때까지 계속 1인 시위를 할 것이라고 답했다. #

2020년 3월에 벌어진 n번방 사건에 대해서 이우연은 "내게 딸이 있었다면 n번방 근처에도 가지 않도록 평소에 가르치겠다.", "내 딸이 그 피해자라면, 내 딸의 행동과 내 교육을 반성하겠다.", "n번방 피해자들에게도 같은 규칙이 적용되어야한다."라는 글을 페북에 올렸다. # 이후, 비판이 거세지자 “거래를 통해 양자 모두 이득을 얻을 수 있다는 것. 범죄의 피해자도 악을 범할 수 있다는 것. 좋은 의도가 나쁜 결과를 초래할 수도 있다는 것... 이를 이해하고 인정하지 못하는 것.선악의 이분법으로 사회나 역사를 재단하는 것. 이것이 우리 한국인의 가장 큰 문제다.”라는 글로 한국인 전체를 싸잡아 매도하는 모습을 보여주었다. 그리고 자신을 비판하는 댓글 작성자들에게 “온갖 잡것들이 싸지르고 가네”, “역시나 똥물로 가득찬 대가리와 천박한 주둥이 밖에 없구나. 니들은 그 짓이나 계속해라. 난 내 길을 간다”는 폭언을 일삼았고 이들을 고소하겠다고 선언하였다.#

2020년 5월 정의연 관련 사건이 터지자, 위안부 소녀상을 흉물이라며 철거해야한다는 시위를 벌이는 행보를 보여 다시 한번 추태를 보여주었다. 정의연의 잘못이 있다 하더라도 그것이 위안부라는 역사적 사실을 부정하는 일은 전혀 되지 못하는데도 말이다. # 주요 언론들에서는 당연히 "극우 세력의 역주행"이라며 부정적으로 보도하고 있다.

뉴라이트: 이곳의 모든 연구원이 뉴라이트 계열은 아니지만 주요 인물인 안병직, 이영훈 등은 모두 뉴라이트 계열 단체에서 활동한 경력이 있다.