前 대한민국의 축구선수. 현역 시절 포지션은 포지션은 오른쪽 풀백과 센터백을 맡을 수 있었다.
현재는 포항 스틸러스의 수석 코치로 활동하고 있다.

제주도에서 태어났으며 제주남초등학교, 제주중앙중학교, 오현고등학교, 배재대학교를 졸업하였다.

배재대학교를 졸업 후, 2001년 부천 SK에 연습생으로 입단했으나 부천 내에서 그다지 주목을 받은 선수는 아니었으며, 교체 출장으로 2경기만 모습을 드러낸 이후, 2001년 10월에 자유계약대상자로 방출되었다.

2002년 1월에 전북 현대 모터스에 입단테스트 끝에 입단하여 그 해 7경기를 출장. 가능성을 보여준바 있다. 이후 2002년 11월, 상무에 입대했다.

마침, 2003년부터 상무가 광주 상무로 K리그 참가를 선언, 기회를 맞이한다. 마땅한 스토퍼가 없었던 이강조 감독은 김대건을 수비의 한 축으로 기용했고 2003부터 2004년까지 2시즌동안 62경기를 소화하면서 K리그 주전급 수비수로 성장했다.

광주 상무 전역 후, 2006년 창단 구단이었던 경남 FC로 이적한다. 경남에서 3시즌동안 오른쪽 윙백은 물론 수비형 미드필더 역할까지 완벽하게 소화하며 산토스, 이상홍, 박재홍 등과 함께 경남의 수비라인의 핵심으로 자리매김하기에 이른다.

경남에서 성공적인 나날을 보내던 김대건은 2008 시즌 종료 후 FA 자격을 취득했고, 당시 이정수의 공백을 메울 적임자를 찾고 있던 차범근 감독의 부름을 받아 수원 삼성 블루윙즈로 이적한다. 그러나 초반 잠깐 출장하다가 부상을 당해 전력에 큰 보탬이 되질 못했고 결국 입단 8개월여만에 김대건 선수는 방출되었다.

수원에서 방출된 후 2010년 부산에 자유계약으로 입단한다. 하지만 나이도 많았고 2009시즌 경기 소화를 거의 못했다는 점, 오른쪽 풀백에는 팀의 주장인 박진섭 선수가 버티고 있다는 점에서 큰 기대를 받질 못했다. 결국은 예상대로 후보 정도에 머무르다 2010시즌 종료 후 방출, 이후로 선수 생활을 정리하였다.

그는 은퇴 후 모교인 배재대학교 코치를 거쳐 2018년 경주시민축구단 감독에 부임했다. 그리고 그해 K3리그 통합 우승이라는 성적을 내며 주목받았으며 프로에서 외면 받은 선수들의 재기를 도왔다. 능력을 인정받은 김대건 코치는 2020시즌부터 포항 스틸러스에 코치로 합류하여 브레인으로 활동하며 개인과 팀의 성장을 도왔다. 2021년 포항 스틸러스 이상욱 수석코치가 나간 자리의 바통을 이어받아 수석코치로 임명되었다.

장신이지만 비교적 빠른 발로 수비에서 역할을 할 수 있는 선수였지만, 불안한 모습이 많이 노출되어 초반에는 많이 중용되지 못하였다. 하지만 상무에서 주전 기회를 잡은 뒤로는 단점을 많이 보완했다는 평. 나이가 든 후로는 스피드가 줄어든 대신, 깔끔한 경기 운영력을 바탕으로 K리그에서 활약하였다.