특별한 목적으로 기도를 하거나, 신앙심을 단련하도록 숙식시설을 갖춘 장소이다. 일상적으로 다니는 교회와 달리 도시에서 멀리 떨어진 외진 장소에 위치한 곳이 많다.

목적만 놓고 보았을 때 중세 시대 수도원과 유사하다. 단, 수사/수녀들만 이용할 수 있는 수도원과 달리 기도원은 일반 신도들도 이용할 수 있다는 차이점이 있다.

간혹, 교회와 기도원을 겸하는 곳이 있기도 한다.

주로 교회 수련회 장소로 애용된다. 개인적인 문제를 안고 따로 들어와서 숙식하는 인원도 존재한다.

자선사업은 아닌 만큼 이용비가 있으며, 밥도 보통 하나씩 딸려 있는 식당에서 식권을 사서 먹어야 한다. 금식기도원의 경우 따로 식당이 없기에, 여기서 밥을 먹으려면 외부업체의 도움을 받아야 하고 지정된 곳에서 먹어야 한다. 아무 데서나 먹으면 위꼴 민폐

주로 숙박을 해결하는 생활관, 샤워장, (식당), 대강당과 소예배실 정도가 있다. 대강당의 경우 의자가 설치되어 있지 않고 온돌바닥에 방석만 비치된 경우가 많은 편.

많은 기도원들의 문제이기도 한데 시설이 낙후되거나 노후된 기도원이 꽤 있다. 관리주체가 명확하지 않거나 운영하는 교회 또는 교단의 자금사정이 악화되어 이렇게 되는 경우가 많다. 그래서 어지간히 짠돌이 기질이 있지 않으면 같은 교인들도 이런 곳은 최대한 피하려 한다. 만일 중고등 교회 수련회를 이런 곳으로 왔다면 그저 안습.

외진 장소에 있다는 점을 이용해 사이비 종교를 퍼트리는 장소로 사용되기도 한다. 혹은 기도원이라는 간판아래 사실상 미인가 장애인시설처럼 운영하는면도 많은데 이 경우 인권침해문제가 제기된다.

어느 교파나 교단에도 소속되지 않은 특정 목사가 상주하며 자체적인 소위 '성령은사집회' 따위를 하며 돈을 버는 곳도 있는데, 이것이 흑화하면 신생 이단 하나 탄생(...). 도로변 현수막으로 해당 기도원만의 영험하고 신령한 은사 를 광고한다면 대개 이쪽이다. 이쯤 되면 타블로이드 하단에 나오는 무속인 사주팔자 광고와도 크게 다를 바가 없다.

물론 파주 소망기도원 사건도 있다.[1] 이런 문제가 알려지자 이름 있는 대형교회들이 자체 기도원을 운영하는 경우가 늘어나 극단적인 문제점은 많이 줄어들었다.

교인들에게 폭넓게 알려진 기도원 위주로 작성할 것.

하지만, 이는 오래 전 일이고, 현재는 기독교대한감리회(감리교회) 소속으로, 상당히 조용하고 차분한 분위기의 예배 및 집회가 진행되고 있다. 그리고 애초에 설립 목적은 은사운동이 아니었다. 항일 구국기도운동에서 출발하였다.