고초균(Bacillus subtilis)은 그람 양성의 막대 모양의 간균으로 그람 음성 세균인 대장균(Escherichia coli)과 함께 생물학 실험실에서 가장 많이 쓰이는 균 중 하나이다. Bacillus 속에서 유명한 종으로는 탄저균(Bacillus anthracis)이 있다.

볏짚에도 서식하며, 낫토같은걸 만드는데 쓰기도 한다.