2016년 5월 19일 이세돌은 자신의 형인 이상훈 9단과 함께 프로기사회 탈퇴서를 제출하였다. [[http://www.yonhapnews.co.kr/bulletin/2016/05/19/0200000000AKR20160519020951007.HTML|관련기사]] 이세돌은 친목단체인 프로기사회에 불합리한 권한이 부여되어 있다며 이를 거부하겠다고 밝혔다. 이세돌이 문제 삼는 것은 두 가지 내용이다. * 기사회에 소속된 기사만이 한국기원에서 개최하는 대회에 참가할 수 있다고 규정된 점. * 기사회에서 대회 상금을 일률적(3~5%)으로 공제하는 점.[* 이미 [[한국기원]]에서 기원 발전기금으로 대회 상금의 10~15%를 공제하고 있는 상황이다.] 또한 한국기원이 아닌 중국기원에서 개최하는 대회의 상금도 공제한다는 점도 문제 삼았다.[* 한국기원 주최 대회의 상금 등 수입에서는 5%, 세계대회 등 외국 주최 대회 수입에서는 3%를 뗀다.] 이세돌은 기사회를 탈퇴하면서도, 대회에는 참가하겠다는 입장이며, 이것이 문제가 될 경우 법적 소송까지 불사하겠다고 밝혔다. 엄밀히 말하면 한국기원과 프로기사회는 다른 조직이며, 이세돌은 한국기원에서 탈퇴하겠다는 것은 아니다. 야구와 비교하면 한국기원은 [[대한야구협회]], 기사회는 [[선수협]]에 견줄 수 있는 단체다. 이세돌이 지적하는 점은 이 기사회가 한국기원처럼 행세한다는 것에 맞추어져 있는 셈이다. 특히 이세돌이 문제삼은 내용 중에서 '기사회에서 대회 상금을 일률적(3~5%)으로 공제하는 점'은 '''[[회사]]로 따지면 권한있는 자가 걷는 세금으로 모자라 [[노동조합]]까지 세금을 뜯어가는 것'''과 동일하다. 분노를 안 하는 게 이상하다.[* 다만 미 프로야구 메이저리그 선수들의 노동조합으로 볼 수 있는 MLB 선수협회에서는 선수 연봉의 일정 %를 강제로 연금 명목으로 적립하게끔 하고 있다. 이러한 수단을 취하지 않으면 모든 MLB 출신 은퇴선수들에게 연금을 지급할 재원을 달리 마련할 수 없기 때문이다. 당연히 고액 연봉 선수가 훨씬 많은 연금 적립액을 뜯기고 있지만, 이 부분으로 문제제기는 없다. 프로기사회 또한 상금 수익으로부터 일률 공제한 비용 대부분을 은퇴기사 퇴직금(2016년 현재 약 4000만 원 상당)으로 지출하고 있기 때문에 반드시 분노를 안 하는 게 이상한 상황이라고 볼 수는 없다. 이세돌 九단의 기사회 탈퇴 선언에 동료 기사들의 시선이 싸늘한 이유다. 하지만 MLB 선수 협회는 기사회와는 여러모로 다르다. 일단 선수협회는 MLB 구단들과 대립각을 세우며 선수의 권익을 지킴과 동시에, 그 자금 운용이 투명하다. 또한 더 많은 연금을 적립한 은퇴선수에게 더 많은 돈이 돌아가는 구조이다. 기사회의 수뇌부는 사실상 기원의 수뇌부와 동일하여, 선수들의 권익을 대변하기보단 기원과 항상 같은 의견을 공유해왔고, 그 위에 군림하는 것처럼도 행보를 보여왔다. 그 운영이 투명하지 않고 폐쇄적이라, 장부도, 정관도, 홈페이지도 공개되어있지 않은 단체이다. 만약 MLB 선수협회처럼 기사회가 운영되었다면, 이세돌이 탈퇴 요구를 하지도 않았을 것이다. 이세돌이 요구하는 조건을 모두 충족하는 단체이기 때문. 게다가 단순한 친목단체인 기사회는 법인인 MLB협회와 같은 역할을 넘어선 탈권적 영향력을 가질 근거가 없다.][* 위의 각주와 달리, 언론에 노출되고 있는 익명의 기사들의 반응은 다양하며 싸늘하다기보단 기사회의 위세 때문에 말을 아끼고 있는 것이다. 일례로 정작 바둑전문 기사들은 해당 기사를 일절 내놓고 있지 않다. 탈퇴선언에는 과하다는 입장이 주를 이루는 것 같으나 내심 이세돌의 문제의식에는 동조하는 기사들도 적지 않다는 것이 각종 뉴스에서 확인되고 있기 때문이다. 또한 위의 MLB노조와 달리 한국기사회는 법인이 아닌 임의단체이며, 감사에게 자유롭기 때문에 운영의 투명성이 결여되어 있다는 점에서 여러 가지로 상황이 다르다. 약 65억의 자금을 운용하고 있음에도 정관 공개는 커녕, 장부 공개조차 제대로 이뤄지고 있지 않다고 한다. 상위 기사이며 십여년간 최대 납부자로 자리매김한 이세돌조차 그 자금이 어떻게 쓰이는지 모르고 있다.] 단, 이세돌 측에서는 한국기원에서 걷는 발전기금 10%에는 계속 납부하겠다는 뜻을 분명히 했다.[* 이세돌 측은 싸우는 대상을 프로기사회에 국한했다. 한국기원과의 충돌은 원치 않는다는 입장이다.] [[http://sports.news.naver.com/general/news/read.nhn?oid=001&aid=0008413753|양건 프로기사회 회장의 인터뷰 내용]]을 살펴보면, '공제' 부분은 관행적인 것이며, 논의 가능하다고 한다. 기사에 달린 네티즌들 반응은 "기껏 열심히 해서 상금 땄더니 웬 [[꼰대]]가 상금 5% 내놓으라고 한다" 등 프로기사회에 부정적인 내용이 대부분이었다. 인터넷 여론은 거의 이세돌을 지지하는 쪽이다. 또한 불합리한 관행을 이전에도 그렇게 이루어졌으니 그냥 참으라는 식의 말을 하는 건 비논리적인 보상심리이기도 하다. 현재 프로기사회는 7년 전처럼 이세돌에게 강경하게 징계를 내리기 어렵다는 예상이 많다. 일단 7년 전 휴직사건과 비교해서 이세돌 9단의 위상이 크게 달라졌으며, 명분 또한 충분하다. 이세돌 9단이 제 2의 전성기를 맞이했다는 평이 많지만 나이가 적지 않기 때문에 한계가 존재할 것이고, 본인으로서는 기사회와 마찰을 일으키지 않고 나이가 든 후 연금을 받는 것이 더 이익이기 때문에 후배기사들을 위한다는 측면에서 큰 공감을 받고 있다. 게다가 이세돌 9단과 형 이상훈 9단이 이미 법무법인과 접촉하였기 때문에 법으로도 충분한 준비가 되어 있는 듯하다.[* 2009년 휴직 사태 당시 어마어마한 비난을 받았는지라 이번에는 단단히 준비한 듯하다. 당시 이세돌 9단이 랭킹 1위였다고는 해도 지금처럼 인기인이 아니었고, 징계의 이유도 표면상으로는 이세돌의 한국바둑리그 불참이었기 때문에 명분도 부족했던 데다, 나이도 어리다 보니 사실상 깊게 생각하지 않고 들이받은 측면이 크다. 이 때는 바둑의 인기가 하향세였던 시기였고(세계 대회 우승이 한국 독식에서 점차 중국에게 자리를 내주던 시기.), 그걸 만회하기 위해 한국바둑리그가 얼마 안 된 시기였다. 그리고 2009년 바둑리그에는 이세돌 1지명권을 담보로 이세돌의 고향인 신안군에서 창단한 신안천일염 팀이 참가했기 때문에 바둑리그에 참여하지 않겠다고 선언했던 이세돌은 바둑계의 개혁을 바라는 바둑 팬들 입장에서도 전폭적인 지지를 받을 수가 없는 상황이었다.][* 이세돌 본인의 말로는 10번기 이후부터 프로기사회 탈퇴를 준비해 왔다고. 이미 명분은 있으니 자기 주장을 당당하게 펼칠 수 있는 때를 기다려온 듯하다.] 일각에서는(특히 바둑계 관계자들) 이세돌의 기사회 탈퇴에 자신의 금전 이득을 이유로 다른 기사들의 생활은 생각해 주지 않는 이기적인 모습이라든가 알파고와의 대결로 유명해져 멋대로 행동한다는 평도 존재한다. 하지만 이세돌이 지금껏 보여준 행동에 비추어 생각해 볼 때 단순히 돈만 안다고 하기에는 어폐가 있는 것이, 이세돌은 2008년 쓰촨성 지진 당시 TV 아시아배 우승 상금을 전액 기부[* 당시 준우승자였던 조한승 기사도 준우승 상금을 전액 기부했다.]했고, 중국바둑리그 활동 시 자신이 주장으로 활약하여 을조에서 갑조로 승격시킨 광시 팀의 성적이 떨어져 다시 을조로 강등되자 책임감을 느껴 승리수당을 전혀 받지 않고 팀이 다시 갑조로 승격될 때까지 팀원들을 가르치겠다고 선언했던 적이 있다.[* 그러나 광시 팀 측에서는 차마 그렇게 할 수는 없다며 돈을 주었다.] 돈보다 중요한 것이 있다고 판단할 때는 굳이 금전에 얽매이지 않은 듯하다. 그리고 이세돌은 알파고와의 대결로 유명세를 얻기 한참 전부터 불합리한 바둑계의 관행을 개선하기 위해 노력해 왔다.(다만 그 방식이 지나치게 강경하다는 비판은 많이 있었다.) 따라서 이제 와서 멋대로 행동한다고 볼 수도 없다. 5월 20일에는 맥심커피배 시상식에 참가하여 양건 프로기사회 회장과 만나고, 인터뷰도 하였다. [[http://sports.news.naver.com/general/news/read.nhn?oid=001&aid=0008416125|관련기사]] 기사 내용을 보면 이세돌은 프로기사회와 대화는 하겠지만, 풀어나가기 쉽지 않을 것이라고 했다. 또한 기사회 적립금 문제는 일부에 불과하며 기사회 정관에는 이루 말로 할 수 없을 정도로 비상식적인 것들이 많아 완전히 뜯어고쳐야겠다고 생각했다고 한다. 이전에도 계속 고치려고 노력하였음에도 불구하고 개선되지 않자 초강경 대응에 나섰다고. 적립금을 바둑 보급 및 발전에 사용했다는 기사회장의 발언에는 전혀 그렇지 않으며, 은퇴 위로금을 모으는 것뿐이라고 했다. 앞으로의 계획은 정관을 완전히 뜯어고치거나, 그렇지 않으면 현재의 기사회를 와해하고 새로운 기사회를 창립하겠다고 밝혔다. 프로기사회 측에서는 자세한 정관은 공개할 수 없으며, 적립금 사용 내역도 공개하지 않겠다고 했다. 10번기 이후부터 탈퇴를 계획하고 있었으며, 세계대회 우승을 하고 나서 탈퇴를 하려고 했으나 마침 알파고와의 대결로 유명해진 지금이 적기라 탈퇴를 결심하였다고. 몽백합배 당시 일생일대의 대결이며 반드시 승리할 수 있도록 노력하겠다고 지인들에게 말했다고 하는데, 우승이 좌절되고 나서 느꼈던 아쉬움은 단순히 패배로 인한 실망뿐 아니라 이렇게 자신의 의견을 표명할 기회가 날아간 것의 안타까움이 같이 있었던 듯하다. 다만 프로기사회 회장 양건이 개혁파이고, 회장이 되기로 한 계기가 2009년 이세돌 휴직사태임을 고려할 때 원만히 해결될 가능성이 아예 없는 것은 아니다. 앞으로의 귀추를 주목해 볼 수 있을 듯. 서로 대화로 합의점을 찾기로 했다. 6월 2일 프로기사회가 기사총회를 열어 이세돌의 탈퇴 문제를 논의하였다. 탈퇴시 한국기원 주관 대회 출전불가 조항은 법으로 문제가 있어 삭제하기로 하였다[* 애초에 법으로 문제가 있던 부분만 수정한 것이기에 사실상 총회에서 변경된 사항은 없지만 (공정거래법 위반 + 노동법 위반 크리) 한발 물러서 양보한 것처럼 입장을 취하고 있다 ]. '''그러나 다시 2019년 7월, 프로기사회 회원만 한국기원 기전에 출전할 수 있도록 정관을 개정했다.'''[* 이에 대한 이세돌의 반응 : “정관에 관한 뉴스는 읽었어요. 대회에 나오지 말라고 해도 이미 은퇴를 기정사실로 한 제게는 별로 상관없어요. 저도 바둑인이니 관심을 가져야겠지만, 이미 제삼자예요. 앞으로 승부를 계속할 후배들이 더 중요하게 생각할 문제죠.”] 기사회 적립금 문제나 이세돌의 탈퇴 문제는 일단 보류하고, [[한국기원]]과 논의하기로 하였다.[* 기사회는 정관에 관한 문제를 자체로 해결하기 어렵다며 한국기원에 중재를 요청했지만, 한국기원은 “대화로 해결하라”는 원론적인 대책만 내놓았다. 이후 별다른 해결책 없이 3년이라는 시간이 지났고, 이세돌은 3년간 기사회가 가져간 자신의 대국 수입 공제액을 돌려달라며 소송을 진행했다. 이에 기사회와 한국기원은 정관 개정을 하면서 소송에 대응하고 있는 상황이다.] 이에 모 바둑전문 기자는, "기사들을 위해 기원과 대립하며 기원과 기사회가 수뇌부가 같다는 것은 루머"라고 주장하는 기사회의 입장과 모순된다고 지적하였다. 그간 지적되왔던 기원과 기사회 구조는 사실상 이건희 회장이 삼성노조 회장까지 하는 격이라는 것이라는 주장에 힘을 실어주는 상황이란 것이다. 애초에 기원과 대립구도라면 기사회 내부 정관 수정을 위해 기원과 협의 하는 것이 정상인지 의문을 제기하고 있다. 기사회 입장에서 초강수를 두기는 부담스러운 것으로 보이며, [[http://news.donga.com/3/all/20160603/78472881/1|사실상 이세돌의 승부수가 먹힌 것]]으로 보인다. 또한 구설수에 올랐던 수입 지출 내역이 공개되었는데 작년에만 10억 가량의 수익을 올렸으며, 대부분의 지출은 은퇴비 명목으로 쓰였음이 드러났다. 또한 보유하고 있는 현금은 65억에 달한다. 이 정도 규모면 애초에 친목 단체가 아니다. 다른 선수협처럼 법인 등록을 하여 투명하게 관리되어야할 규모이다. 각종 대외 활동과 수익 사업을 활발하게 해야할 현금을 저렇게 쌓아둔 것 자체가 확실히 효과적인 집단은 아니라는 것을 말해준다. 그래서 이세돌 기사회 탈퇴 선언 이후로는 프로기사회의 사단법인화 또는 유한회사화, 현재 재단법인으로 원칙적으로 돈이 아닌 사인을 소속으로 둘 수 없는 한국기원의 사단법인 전환이 논의되고 있다. 즉, 한국기원과 프로기사회가 별도의 조직으로 완전히 분리되고, 이 조직은 사단법인화를 하여 프로기사들이 한국기원과 프로기사회 양쪽에 선택해서 가입할 수 있게 하자는 것. 이 기사회 탈퇴 건으로 인해 [[한국바둑리그]] [[2016년]] 시즌에서 도입된 각 선수별 세리머니를 촬영하지 못했다. 기사회 문제로 한국바둑리그 개막식날 불참해버렸기 때문이다. 형인 이상훈 九단은 감독이니까 개막식에 참석하고 신안천일염 나머지 선수들은 촬영을 마쳤지만, 이세돌 九단만 세리머니 사전촬영을 안 했다.